Q1: il s'agit d'un accord VIIa ici car si est déjà une note pédale. Elle fait partie de l'accord I à la pulsation précédente.

Q2: C'est aussi un accord VIIa Nous verrons de temps des exceptions avec Bach, et plus souvent avec Mozart ou l'enchaînement a>F n'est pas conjoint à la basse. Ici cela met en valeur l'accord de dominante qui est accentué par cet intervalle disjoint et la quinte au posé. Bach l'a probablement fait pour valoriser la cadence.
Le si au levé est probablement une note de passage dont la note de résolution a été renversée par un changement de tessiture. C'est la tonique ici que l'on aurait pu analyser comme un rappel de la pédale précédente. Mais j'y crois moins 

Q3: Il s'agit encore d'un accord VIIa ici. Si est une appogiature (7ème) au posé très expressive. N'oublions pas non plus que cette note était la pédale juste un peu avant et que cette réminiscence n'est pas probablement étrangère à ce choix. Jouez ce passage au clavier lentement ou écoutez le sur le CD pour en mesurer l'expression.