Je pense que vous vous référez à la mesure 5 ici.

Nous sommes sur l'accord V7 ou VIIa  pratiquement sur toute la mesure ici. Si les deux premiers temps sont ambigus, le denier est clair, nous sommes sur V7 de ré majeur ou mineur puisque les deux modes ont le même degré V7. Tant que nous sommes sur V, nous ne pouvons encore déterminer si c'est en majeur ou en mineur.  il faut l'accord I pour cela et ici il arrive sur l'accord de tonique de ré mineur. J'en ai donc conclu que toute la mesure précédente est aussi en ré mineur ce qui ne pose pas de problème réel puisque fa# peut être un chromatisme et cette  broderie le sera souvent dans la pièce. On trouve le mineur majoré ici pour conserver la majoration de la sensible.

Cela dit, votre remarque est très juste et sil à la mesure 6, fa était # toute la mesure serait sans ambiguïté en ré majeur (ce qui dans une fugue de Bach serait particulièrement étonnant)

PS C'est plus pratique et plus rapide pour moi lorsque vous me donnez les exemples en vous référant à l’analyse papier plutôt que le Cd.

Vous n'êtes pas réellement en ré majeur si l'accord de tonique ré fa# la n'arrive pas. Or c'est ré fa la qui suit cette mesure.

Si l'on avait eu si un bémol ici, la sensible aurait été difficilement majorable. or il est essentiel qu'elle le soit ici. Cela dit, vous avez déjà vu dans plusieurs pièces des successions VII VI majorées.

Cela dit, ce passage est assez ambigu... la musique de Bach est très complexe et très riche