Il n'y a aucune règle à enfreindre ici. Il n'y a d'ailleurs pas de règle du tout. Il importe avant tout d'être rigoureusement logique et Bach l'est toujours. Vos observations sont justes. Toutefois, je ne souscris pas à vos conclusions.

Dans votre analyse de l'accord d'arrivée, vous oubliez un élément essentiel, le mi bécarre, sensible de fa majeur dont l'altération ne se justifie pas dans l'accord I de sol mineur. Cet élément seul nous indique que l'on est sur l'accord V de fa majeur. La position b est très bien amenée puisqu'il y a un mouvement contraire conjoint avec le soprane.

En même temps, vous avez vu juste en concluant que l'on perçoit une cadence parfaite et l'arrivée sur un accord I de sol mineur. Car en effet Bach est souvent très ambigu harmoniquement. Si l'on suit le déroulement dans le temps, note après note, on perçoit d'abord une arrivée sur I de sol mineur mais dès que do et surtout mi bécarre arrivent, on penche plutôt pour V de fa majeur ce que confirme l'arrivée sur l'accord de tonique de ce ton. On retrouvera souvent ce type d’ambiguïté dans les pièce de Bach.

Pour l'arrivée sur un accord en second renversement, le mouvement contraire conjoint ou oblique  à la basse suffit. Le mouvement contraire/ continu conjoint est ce que nous préconisons pour la quinte et l'octave entre les deux voix extrêmes. Justement me direz vous, il y a une octave ici qui n'est donc pas correctement employée?
Il faut bien comprendre l'objectif de cette "règle". Le mouvement contraire/ continu conjoint  entre les deux voix extrêmes atténue la perception de l'octave ou de la quinte. Dans une polyphonie, ces deux consonances très fortes appauvrissent considérablement les mouvements mélodiques. Les consonances fixent tandis que les dissonances amènent le mouvement. Mais ici, Bach ne tenait pas nécessairement à ce que l'on ne les perçoive pas puisqu'il y a une tonulation.

Cela dit, nos amis Durand, Bitsch et Dubois ont du perdre quelques cheveux en voyant ce parallélisme d'octaves sol-fa entre les notes au posé des voix extrêmes. Heureusement à Polyphonies, ils sont plus cools puisque la consonance à la base (mi bécarre) supprime ce parallélisme

L'association pulsation / harmonie est essentielle en effet. A partir d'elle se dégage aussi un rythme harmonique qui peut ralentir ou accélérer dans une pièce, la pulsation restant inchangée. Ce n'est vraiment pas cohérent de le faire dépendre des valeurs métriques de la mélodie. J'ai souvent eu l'occasion de lire et analyser des pièces chorales destinées à la liturgie qui étaient conçues ainsi. De fait, cette conception ne prend pas compte le contrepoint. Ce défaut est, il me semble particulier à la France. Chez les allemands et les anglais, le contrepoint tient toujours une grande place dans l'enseignement musical.

La mesure et la pulsation ont des fonctions très différentes en musique. La pulsation permet de rendre vivante la musique. La mesure a pour fonction de la calibrer d'un point de vue visuel pour en faciliter le jeu. Elle permet aussi de mettre en valeur ses structures formelles ou thématiques. Les musiques de tradition orale ont toujours une pulsation mais pas nécessairement une mesure (cf les musiques africaines anciennes). L'étymologie de ces deux mots nous permet de mieux en saisir le sens: pulsation, pulser, pulsion, pouls sont des mots de même racine. Le mot mesure parle de lui-même.

Dans toutes les pièces basées sur la danse, elles sont nombreuses à l'époque de Bach et pas seulement dans les suites, la pulsation est donnée par la rythmique de la danse. La relation mesure/pulsation à cette époque est conventionnelle. Les compositeurs ne se posent donc pas trop de questions concernant la pulsation. Il y a des conventions pour la mesure.  L'arrivée du métronome a changé la donne puisque ses battements concrétisent la pulsation. A partir du XIXème siècle, il y a donc une plus grande correspondance entre les deux.