1- Je crois que je commence à comprendre l'esprit de ces "exceptions à la règle"...

2- Ici, par contre, ce n'est pas très clair pour moi. Ma question ne concernait pas tant l'analyse harmonique / contrapuntique que la présence de cette quarte dissonante mise en valeur sur un tps fort.
Est-ce cette ambigüité harmonique sur le 1er tps (d'une manière ou d'une autre, on est sur 2 tps d'accords de dominante) qui la prépare en qque sorte ?

A ce niveau des cours et par rapport à notre pédagogie, il n'est pas nécessaire ni obligatoire de se poser déjà ces questions sur l'écriture de Bach, un peu trop complexe par rapport au niveau que l'on a au cours 46.  Je renverrai plutôt cela au cours 71 de validation. Je rappelle quand même l'objectif des cours de composition: reprendre les structures formelles et thématiques d'une pièce et en élaborer une avec le langage appris en contrepoint et en schème comme cela est précisé dans le document de présentation des cours.

Cela dit, je comprends  votre curiosité et je vais quand même m'empresser d'y répondre   Sachez que cela ne vous sera pas d'une grande utilité à ce stade.
Ici, dans cette quarte au posé du second temps la dissonance est sol# mais elle devient consonante sur le 3ème. On se retrouve dans cette mélodie avec trois notes successives dont le statut consonance/dissonance est complètement flou. Pourquoi cela passe?
Je répondrai laconiquement parce c'est Bach. Il est le seul à aller aussi loin.

Il évident que ce n'est pas la peine de chercher à procéder dans vos exercices

Il faut quand même essayer d'aller le plus loin possible ... mais progressivement et à son rythme