C'est très juste et je ne remets pas en cause ce chiffrage. En fait, c'est l'ordre de l'écriture des voix que je tenais à vous indiquer dans cette observation : sujet, schèmes b-b et partie libre.
Cela  dit, je m'aperçois que j'ai du oublier une petite observation concernant ces deux schème b-b: ne les faites pas commencer au posé. Soit le premier commence au levé. Soit vous placez une croche au levé précédent reliée au posé qui suit  comme le fait Bach. Son entrée sera mieux mise en valeur.

Je n'en doute pas et vous fais pleinement confiance à ce sujet En fait, c'est une observation que je fais quasi systématiquement par précaution. Mieux vaut prévenir que guérir

Dans les cours de schème/contre-schème, nous avons déjà rencontré ce genre de problème. Nous appliquions la règle mélodique aux valeurs les plus longues, en principe la voix où se trouve le contre-schème.  L'autre voix devait s'y accorder. Nous sommes confrontés à un problème de même type ici. Nous avons vu aussi que , lorsqu'il était confronté à cette situation, Bach n'hésitait pas à tout majorer, voire laisser une 2M+ dans la mélodie. C'était le cas dans le menuet en do mineur.

- Dans votre exemple, pour être en accord avec la règle mélodique,  les degrés VI et VII de la voix supérieure doivent tous être majorés (je ne les vois pas mais si et do doivent être majorés). Vous pouvez donc sans hésiter majorer le si à la basse à la mesure 9.
- Les intervalles de quarte et quintes n'ont pas à être obligatoirement justes dans les mélodies. Ils apportent une expression qui n'est pas négligeable. Toutefois, ils doivent arriver à propos. Il ne doit pas non plus y en avoir à chaque mesure. Ils ne sont pas interdits. C'était aussi une solution.
- Je ne vois pas de quel mouvement conjoint vous parlez en début de mesure 9. En tout cas, la première chose à faire est de placer le sujet dans son intégralité et sans modification, les autres doivent s'y adapter. Par contre, je relève une dissonance non résolue, ré à la fin de la mesure 9 à la basse. Il y a beaucoup de solutions pour l'éviter, les notes des 3 voix  de ce posé sont libres
- Au temps 2 et 3 de la mesure 8, il n'y a pas de fausse relation puisque do# au temps 3 est une dissonance. Cela dit, il y avait la possibilité de placer un do# à la voix supérieure au temps 2 de la mesure 8 en conservant le sib qui suit. Cela donne beaucoup d'expression au sujet. C'est une solution que Bach emploie parfois.

1- La modification du sujet mesure 3 était possible s'il s'agissait d'une mutation? C'est ainsi que je l'avais prise. Et en fait, cette reprise de la réponse avec mutation est possible  à n'importe quel moment dans la fugue. Mais à choisir entre ces deux premières versions du sujet, c'est la première qu'il faut privilégier. A chaque fois que c'est possible, et ça l'est souvent, choisissez la version initiale. Mais peut être dans la fugue, vous serez contrait et forcé de modifier le sujet. Il faut retarder le plus longtemps possible ce moment. Ici, on pouvait conserver ce sujet initial. Cela ne vous empêche pas de placer les mêmes chiffrages qu'à la mesure 3. Pour éviter la fausse cadence, rien ne vous interdit de considérer que vous restez sur VI au lieu de I au premier temps de la mesure. Vous restez sur le même degré. L'important est que vous conserviez votre sujet initial.

2-  Dans cette mesure 2, j'avais pensé placé un fa au posé sur le deuxième temps à la basse sans qu'il y ait de liaison avec le fa précédent. Mais finalement ce serait un peu lourd. Finalement dans ce premier schème b à la basse, il vaudrait mieux laisser votre do au posé et le faire suivre de do-ré-mi pour arriver sur fa au posé sur le temps 2. Mais il faut alors remonter le schème b de la voix intérieure d'un degré pour qu'il commence par mi.

3- Mib ou mi bécarre? Le mi bécarre convient de toute façon.  J'avais proposé un  mib ce qui implique une tonulation avec l'enchaînement II-V et non  pas avec l'accord II isolé. Les enchaînements II-V ou IV-V sont parfois employés pour tonuler ou moduler. Je vous propose de ne pas le faire tant que vous n'avez rencontré cela dans les cours. Ici cela m'avait semblé intéressant de vous le montrer car on obtient une imitation régulière de la mesure précédente. L'arrivée en sib passe bien pour cette raison. Cela dit, vous pouvez choisir de conserver le mi bécarre